Buenos días Juan Carlos, gracias por contactarme.
No he trabajado con la librería de Cytoscape, pero tengo mucha experiencia en la integración de librerías Javascript. Revisando la pagina detecte que hay una versión desactualizada de la librería, que trabaja con flash y una mas actual que funciona sobre canvas, esperaría que lo que ya esta construido sea con la mas reciente, la razón es que eventualmente flash dejara de tener soporte en todos los navegadores, y una migración seria necesaria en caso que estuvieras ocupando la primera.
Por parte de los requerimientos, no veo ningún inconveniente, necesitara analizar mas a fondo cada uno de ellos, con el fin de poder definir el alcance.
La forma de trabajo seria la siguiente:
Dicho que es una actualización y no un sistema nuevo, la primera fase consistirá en revisar lo que ya esta construido junto con una serie de preguntas mas especificas con el fin entender el proyecto en su totalidad y poder definir tiempos el costo.
Una vez aprobada la propuesta, el segundo paso es la realización de mockups/diagramas, para cada uno de los requerimientos, en donde se alcancen acuerdos antes de comenzar a programar.
Cada requerimiento se compone de programación y posterior validación de tu parte, y en su caso adecuación.
Esto se repite hasta terminar todos los requerimientos.
Como herramienta de gestión manejo trello, en donde podremos estar en comunicación directa respecto a los avances.
Espero tus comentarios. Buena tarde.